Le Pr Jean-Winoc Decousser, microbiologiste et responsable médical de l’équipe opérationnelle d’hygiène du Groupe Hospitalier Henri Mondor (AP-HP)
Les hygiénistes hospitaliers ont-ils, à votre sens, une appétence particulière pour les solutions de diagnostic biologique ?
Pr Jean-Winoc Decousser : Bien sûr ! Au quotidien, tous les hygiénistes hospitaliers, y compris ceux issus de spécialités éloignées de la biologie médicale, s’intéressent fortement aux solutions de diagnostic biologique, car elles représentent une source d’information primordiale pour la surveillance et la gestion des infections associées aux soins et des résistances bactériennes. Ils portent d’ailleurs une attention toute particulière aux nouvelles techniques de diagnostic rapide, comme les PCR syndromiques, qui permettent d’accélérer le processus décisionnel et donc de mieux cibler la mise en œuvre des précautions complémentaires – notamment l’isolement en chambre individuelle, consommateur de ressources matérielles et humaines. Ces techniques offrent en outre la possibilité d’effectuer des analyses 24h/24 et 7j/7, un point primordial car la transmission des micro-organismes ne s'arrête pas aux heures ouvrables.
Vous évoquez les panels syndromiques. Comment vous positionnez-vous ici ?
Les techniques de l'approche syndromique ont cela d’intéressant qu’elles permettent de couvrir un large ensemble de bactéries, virus et champignons sur un syndrome particulier, nous permettant dès lors de disposer d’une vision globale sur le risque infectieux. Cela dit, certains de ces micro-organismes, qui n’étaient pas jusque-là recherchés de manière systématique, sont désormais mis en lumière, alors même qu’il nous est parfois impossible d’isoler tous les patients avec un diagnostic de maladie infectieuse. La Société Française d’Hygiène Hospitalière cherche donc à préciser la conduite à tenir en fonction des situations. En tout état de cause, pour nous, hygiénistes, l’approche syndromique est somme toute naturelle, car elle offre une vision uniforme de la microbiologie sur ses trois composantes, la bactériologie, la virologie et la mycologie.
Quel est, par ailleurs, votre point de vue d’hygiéniste sur une autre technologie nouvelle, celle des antibiogrammes rapides, ou CMI ?
Toutes les technologies qui pourraient nous permettre d'identifier plus rapidement des patients porteurs de BMR, et surtout de BHRe, sont positivement accueillies. Et les techniques de détermination de la sensibilité aux antibiotiques par CMI rapide le sont d’autant plus qu’elles permettent d’effectuer des recherches plus larges, moins ciblées, que les PCR. Elles vont donc mettre en évidence toutes les bactéries résistantes à une molécule donnée, mais aussi les éventuelles augmentations de CMI, qui représentent des premiers signaux d'alerte. Leur intérêt clinique et organisationnel est donc bien réel. Elles sont également importantes sur le plan de l’éthique, en particulier pour lever rapidement les doutes sur les patients cas contacts en attente de transfert dans des structures d’aval.
Évoquons à présent le séquençage nouvelle résolution, ou NGS. Que peut-il apporter aux hygiénistes ?
Le NGS recouvre d’une part le séquençage complet du génome bactérien, une application qui nous est aujourd’hui utile au quotidien pour la comparaison des souches. La difficulté réside néanmoins dans l’interprétation des données qui en sont issues, et ce point fait actuellement l’objet d’un groupe de travail piloté par les Sociétés Françaises d'Hygiène Hospitalière et de Microbiologie. Mais le NGS désigne également la métagénomique, c'est-à-dire la recherche très large de micro-organismes responsables d’infections, sans la dimension « a priori » des PCR. Cela est intéressant en termes de diagnostic d’infection mais aussi pour l’étude du microbiote, un champ probablement appelé à devenir extrêmement important à l'avenir. Nous pourrions ainsi évaluer rapidement la diversité du microbiote et améliorer notre connaissance de phénomènes encore incompris, notamment en ce qui concerne les capacités de résilience et de clairance par rapport à l'acquisition d'une bactérie multirésistante.
Toutes ces technologies font écho à la notion de « diagnostic stewardship ». Comment l’envisagez-vous ?
Le « diagnostic stewardship » est extrêmement important dans certaines situations, par exemple en réanimation néonatale. En effet il convient d’être vigilant pour ne pas tomber dans l’acharnement diagnostique. Multiplier les panels PCR va forcément permettre de trouver toujours plus de micro-organismes, qui ne sont toutefois pas toujours responsables d'une infection. Pour que ces panels soient véritablement profitables, il faut donc qu’ils soient prescrits selon les bonnes indications et que nous disposions, en bout de chaîne, de professionnels médicalement aptes à interpréter les résultats et à en déduire des changements thérapeutiques.
Pourriez-vous, pour finir, détailler votre vision de l’hygiène hospitalière de demain ?
L’avenir de notre spécialité résidera, à mon sens, dans une meilleure appropriation des techniques de séquençage de nouvelle génération. Nous sommes confrontés à des difficultés organisationnelles, humaines et économiques qui nous imposent de faire mieux, avec moins de moyens. L’hygiène et l’infectiologie en sont, aujourd’hui, au même stade que l’oncologie il y a 30 ans, qui traitait tous les cancers de la même manière avant de prendre le virage de la médecine personnalisée. Viendra donc l’ère de l’hygiène personnalisée, basée sur la gestion individualisée du risque d'acquisition et d'infection par des bactéries multirésistantes. Les patients ne sont pas uniformes, les bactéries non plus. Mais leurs spécificités sont encore aujourd'hui difficilement appréciables. Elles le seront demain grâce au séquençage de nouvelle génération, qui nous permettra d’évaluer la dangerosité d’une BMR en termes de diffusion et de savoir, en analysant le microbiote du porteur, dans quelle mesure il en sera impacté afin de mettre en œuvre les procédures adéquates. Nous sommes à l’aube de cette ère, car nous disposons déjà des outils et des données. Il nous faut désormais les comprendre et les interpréter. Ce sera là un travail complexe, qui n’arrivera pas à son terme avant dix voire quinze ans. Mais c’est assurément la tendance qui se profile et vers laquelle nous nous dirigeons.
Article publié dans l'édition de décembre 2022 d'Hospitalia à lire ici.
Pr Jean-Winoc Decousser : Bien sûr ! Au quotidien, tous les hygiénistes hospitaliers, y compris ceux issus de spécialités éloignées de la biologie médicale, s’intéressent fortement aux solutions de diagnostic biologique, car elles représentent une source d’information primordiale pour la surveillance et la gestion des infections associées aux soins et des résistances bactériennes. Ils portent d’ailleurs une attention toute particulière aux nouvelles techniques de diagnostic rapide, comme les PCR syndromiques, qui permettent d’accélérer le processus décisionnel et donc de mieux cibler la mise en œuvre des précautions complémentaires – notamment l’isolement en chambre individuelle, consommateur de ressources matérielles et humaines. Ces techniques offrent en outre la possibilité d’effectuer des analyses 24h/24 et 7j/7, un point primordial car la transmission des micro-organismes ne s'arrête pas aux heures ouvrables.
Vous évoquez les panels syndromiques. Comment vous positionnez-vous ici ?
Les techniques de l'approche syndromique ont cela d’intéressant qu’elles permettent de couvrir un large ensemble de bactéries, virus et champignons sur un syndrome particulier, nous permettant dès lors de disposer d’une vision globale sur le risque infectieux. Cela dit, certains de ces micro-organismes, qui n’étaient pas jusque-là recherchés de manière systématique, sont désormais mis en lumière, alors même qu’il nous est parfois impossible d’isoler tous les patients avec un diagnostic de maladie infectieuse. La Société Française d’Hygiène Hospitalière cherche donc à préciser la conduite à tenir en fonction des situations. En tout état de cause, pour nous, hygiénistes, l’approche syndromique est somme toute naturelle, car elle offre une vision uniforme de la microbiologie sur ses trois composantes, la bactériologie, la virologie et la mycologie.
Quel est, par ailleurs, votre point de vue d’hygiéniste sur une autre technologie nouvelle, celle des antibiogrammes rapides, ou CMI ?
Toutes les technologies qui pourraient nous permettre d'identifier plus rapidement des patients porteurs de BMR, et surtout de BHRe, sont positivement accueillies. Et les techniques de détermination de la sensibilité aux antibiotiques par CMI rapide le sont d’autant plus qu’elles permettent d’effectuer des recherches plus larges, moins ciblées, que les PCR. Elles vont donc mettre en évidence toutes les bactéries résistantes à une molécule donnée, mais aussi les éventuelles augmentations de CMI, qui représentent des premiers signaux d'alerte. Leur intérêt clinique et organisationnel est donc bien réel. Elles sont également importantes sur le plan de l’éthique, en particulier pour lever rapidement les doutes sur les patients cas contacts en attente de transfert dans des structures d’aval.
Évoquons à présent le séquençage nouvelle résolution, ou NGS. Que peut-il apporter aux hygiénistes ?
Le NGS recouvre d’une part le séquençage complet du génome bactérien, une application qui nous est aujourd’hui utile au quotidien pour la comparaison des souches. La difficulté réside néanmoins dans l’interprétation des données qui en sont issues, et ce point fait actuellement l’objet d’un groupe de travail piloté par les Sociétés Françaises d'Hygiène Hospitalière et de Microbiologie. Mais le NGS désigne également la métagénomique, c'est-à-dire la recherche très large de micro-organismes responsables d’infections, sans la dimension « a priori » des PCR. Cela est intéressant en termes de diagnostic d’infection mais aussi pour l’étude du microbiote, un champ probablement appelé à devenir extrêmement important à l'avenir. Nous pourrions ainsi évaluer rapidement la diversité du microbiote et améliorer notre connaissance de phénomènes encore incompris, notamment en ce qui concerne les capacités de résilience et de clairance par rapport à l'acquisition d'une bactérie multirésistante.
Toutes ces technologies font écho à la notion de « diagnostic stewardship ». Comment l’envisagez-vous ?
Le « diagnostic stewardship » est extrêmement important dans certaines situations, par exemple en réanimation néonatale. En effet il convient d’être vigilant pour ne pas tomber dans l’acharnement diagnostique. Multiplier les panels PCR va forcément permettre de trouver toujours plus de micro-organismes, qui ne sont toutefois pas toujours responsables d'une infection. Pour que ces panels soient véritablement profitables, il faut donc qu’ils soient prescrits selon les bonnes indications et que nous disposions, en bout de chaîne, de professionnels médicalement aptes à interpréter les résultats et à en déduire des changements thérapeutiques.
Pourriez-vous, pour finir, détailler votre vision de l’hygiène hospitalière de demain ?
L’avenir de notre spécialité résidera, à mon sens, dans une meilleure appropriation des techniques de séquençage de nouvelle génération. Nous sommes confrontés à des difficultés organisationnelles, humaines et économiques qui nous imposent de faire mieux, avec moins de moyens. L’hygiène et l’infectiologie en sont, aujourd’hui, au même stade que l’oncologie il y a 30 ans, qui traitait tous les cancers de la même manière avant de prendre le virage de la médecine personnalisée. Viendra donc l’ère de l’hygiène personnalisée, basée sur la gestion individualisée du risque d'acquisition et d'infection par des bactéries multirésistantes. Les patients ne sont pas uniformes, les bactéries non plus. Mais leurs spécificités sont encore aujourd'hui difficilement appréciables. Elles le seront demain grâce au séquençage de nouvelle génération, qui nous permettra d’évaluer la dangerosité d’une BMR en termes de diffusion et de savoir, en analysant le microbiote du porteur, dans quelle mesure il en sera impacté afin de mettre en œuvre les procédures adéquates. Nous sommes à l’aube de cette ère, car nous disposons déjà des outils et des données. Il nous faut désormais les comprendre et les interpréter. Ce sera là un travail complexe, qui n’arrivera pas à son terme avant dix voire quinze ans. Mais c’est assurément la tendance qui se profile et vers laquelle nous nous dirigeons.
Article publié dans l'édition de décembre 2022 d'Hospitalia à lire ici.
• L’antibiogramme rapide Specific Reveal® : Dernier ajout à la solution « Sepsis » de bioMérieux, Specific Reveal® fournit un antibiogramme phénotypique rapide, avec des résultats de CMI en milieu liquide, directement à partir des flacons d’hémocultures positives en cas d’infection par une bactérie à Gram-négatif. Compact, modulable et facile à utiliser, y compris par les équipes de garde, cet outil est basé sur une technologique unique et brevetée, notamment évaluée par le CNR de la Résistance aux antibiotiques. Specific Reveal® a reçu cette année la distinction « Breakthrough device » par la FDA américaine, attribuée aux innovations de rupture présentant un intérêt majeur pour les patients et offrant des avantages significatifs par rapport aux solutions existantes.
• Le système d’exploitation des données EPISEQ® CS : L’arrivée des séquenceurs à haut débit impose le recours à des technologies de pointe pour, notamment, pouvoir aisément exploiter les données qui en sont issues. C’est justement ce à quoi s’est attelé bioMérieux avec le système EPISEQ® CS, un middleware facile à intégrer et surtout utilisable par tous, y compris ceux n’ayant pas de connaissances en bio-informatique. Facilitant les recoupements entre souches, l’outil fournit en autres un arbre phylogénétique pour mieux surveiller les épidémies, guider la thérapie et adapter les mesures d’hygiène.
> Plus d'informations sur le site de bioMérieux
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