Pourriez-vous, pour commencer, nous présenter le Pôle Biologies-Pathologie du CHU de Nîmes ?
Pr Serge Lumbroso : Celui-ci rassemble les différents laboratoires de biologie médicale de l’institution, en biochimie et biologie moléculaire, hématologie, microbiologie – qui elle-même regroupe la bactériologie, la virologie, la parasitologie et l’hygiène hospitalière –, cytologie clinique et cytogénétique, où l’on retrouve par exemple la génétique médicale, l’immunologie et l’assistance médicale à la procréation, ainsi que le laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques. Le Pôle Biologies-Pathologie produit chaque année près de 130 millions de B, un chiffre qui s’entend hors anatomopathologie et recouvre également les actes hors nomenclature, essentiellement pour la génétique.
GLIMS, le système de gestion de laboratoire de Clinisys, y est en place depuis 2005. Pourriez-vous revenir sur l’origine de ce partenariat ?
Je suis moi-même arrivé au CHU de Nîmes en 2005 et avais aussitôt été confronté à la mise en place de GLIMS, qui remplaçait un SIL alors devenu obsolète. Nous avons donc près de vingt années de recul sur cette solution qui équipe aujourd’hui la quasi-totalité du Pôle. Ne reste que la génétique, où une part des activités s’effectue encore via un logiciel tiers – une spécificité qui pourrait à terme évoluer –, et l’anatomopathologie, qui s’appuie pour sa part sur DaVinci, un système également mis au point par Clinisys.
Pourriez-vous évoquer plus en détail votre utilisation de GLIMS ?
Tout commence dans Clinisys CyberLab, le module de saisie des prescriptions et de consultation des résultats. Appelé à partir du Dossier patient informatisé (DPI), il permet aux prescripteurs de demander des examens et aux préleveurs d’éditer les étiquettes correspondantes. Grâce à la connexion native entre GLIMS et CyberLab, il suffit ensuite au laboratoire de scanner le tube lors de son acquittement pour identifier les besoins associés. Cette prescription connectée est aujourd’hui devenue un processus commun au sein des établissements de santé. Mais elle était particulièrement novatrice lorsque nous l’avions mise en place il y a plus d’une décennie.
Quelle est la suite du processus ?
Une fois les analyses réalisées par les automates, les résultats font l’objet d’une première validation par les techniciens de laboratoire, directement dans GLIMS ou via un middleware, comme cela est par exemple le cas pour la biochimie et la biologie moléculaire. Vient ensuite la validation biologique finale, exclusivement effectuée via GLIMS pour la libération des résultats, et la bascule du compte-rendu dans CyberLab pour permettre sa consultation par les prescripteurs. Les patients devraient pour leur part prochainement pouvoir y accéder via un portail dédié, ou par Mon Espace Santé. Cette organisation est en place pour tous les laboratoires à l’exception de la génétique moléculaire, où la règlementation n’autorise pas l’usage d’un serveur de résultats. Les transmissions se font donc encore beaucoup sous format papier ou par mail sécurisé.
Votre longue histoire avec GLIMS vous a permis de tester plusieurs versions. Que pourriez-vous nous en dire ?
Nous avons effectivement commencé avec la V6, et en sommes désormais à la V10. Toutes les mises à jour ont été mises en œuvre de manière totalement transparente pour les utilisateurs, ce qui est très appréciable. À savoir toutefois : lors du passage à la V10, qui proposait un certain nombre de changements notables – notamment des interfaces repensées et l’intégration d’un module spécifiquement dédié à la génétique –, nous avions souhaité remettre tous les paramétrages à plat et repartir d’une feuille blanche, ce qui permettait, notamment, de former une nouvelle génération de biologistes et de techniciens. Il faut dire qu’une force majeure de GLIMS réside dans sa grande souplesse, qui permet une adaptation étroite aux spécificités de chaque établissement et autorise de nombreuses évolutions. Mais cela nécessite une grande maîtrise technique. Il nous a donc semblé essentiel de renouveler notre pool d’experts internes, pour assurer la pérennité de la solution et pouvoir continuer à y intégrer de nouvelles analyses. Nous avons également mis ces travaux à profit pour créer un poste de technicien-informaticien, devenu le référent GLIMS à l’échelle du Pôle, pour les utilisateurs comme pour la direction des systèmes d’information.
Vous évoquiez plus haut DaVinci, le module équipant le laboratoire d’anatomopathologie. Des développements sont en cours pour assurer de meilleurs liens avec GLIMS. Pourriez-vous nous en parler ?
L’anatomopathologie nécessite en effet, autant que possible, des liens directs avec la biologie médicale, particulièrement pour l’oncogénétique somatique dans le cadre des thérapies ciblées. Mais ces deux activités s’appuient aujourd’hui sur deux outils distincts, ce qui n’est pas très commode – et est surtout potentiellement source d’erreurs, car certaines données d’anatomie pathologique sont manuellement saisies dans GLIMS. Des travaux sont donc en cours avec les équipes de Clinisys pour que, lors de la création d’une demande d’analyse de pièces tissulaires dans DaVinci, un dossier de demande d’analyse moléculaire soit autocréé dans GLIMS. Cela évitera la ressaisie des informations, tout en facilitant l’identification des pièces anatomiques réceptionnées par le laboratoire. Nous aimerions, dans un deuxième temps, pouvoir éditer un compte-rendu unique, pour répondre aux souhaits des prescripteurs et éviter une potentielle perte d’informations. Il s’agit donc d’un projet à la fois complexe et ambitieux, qui mobilise fortement les équipes.
Auriez-vous d’autres projets à court et moyen terme ?
Nous continuons d’imaginer de nouvelles organisations, car GLIMS nous donne justement toute latitude pour le faire. Par exemple, je mentionnais au début l’existence d’un logiciel tiers pour certaines activités de cytogénétique. Le volet concernant spécifiquement les thérapies ciblées en hématologie devrait progressivement basculer dans GLIMS, ce qui ferait d’ailleurs sens. À terme, nous réfléchissons à basculer sur GLIMS l'ensemble des activités de biologie médicale du Pôle qui peuvent l'être, la cytogénétique par exemple, et certaines activités de génétique. Ce serait pertinent pour simplifier les pratiques, mais également pour ce qui concerne la tarification des actes et les échanges avec les outils institutionnels de facturation. Toujours est-il que GLIMS confirme sa pertinence et son utilité tous les jours.
> Plus d'informations sur le site de Clinisys
> Article paru dans Hospitalia #66, édition de septembre 2024, à lire ici
Pr Serge Lumbroso : Celui-ci rassemble les différents laboratoires de biologie médicale de l’institution, en biochimie et biologie moléculaire, hématologie, microbiologie – qui elle-même regroupe la bactériologie, la virologie, la parasitologie et l’hygiène hospitalière –, cytologie clinique et cytogénétique, où l’on retrouve par exemple la génétique médicale, l’immunologie et l’assistance médicale à la procréation, ainsi que le laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques. Le Pôle Biologies-Pathologie produit chaque année près de 130 millions de B, un chiffre qui s’entend hors anatomopathologie et recouvre également les actes hors nomenclature, essentiellement pour la génétique.
GLIMS, le système de gestion de laboratoire de Clinisys, y est en place depuis 2005. Pourriez-vous revenir sur l’origine de ce partenariat ?
Je suis moi-même arrivé au CHU de Nîmes en 2005 et avais aussitôt été confronté à la mise en place de GLIMS, qui remplaçait un SIL alors devenu obsolète. Nous avons donc près de vingt années de recul sur cette solution qui équipe aujourd’hui la quasi-totalité du Pôle. Ne reste que la génétique, où une part des activités s’effectue encore via un logiciel tiers – une spécificité qui pourrait à terme évoluer –, et l’anatomopathologie, qui s’appuie pour sa part sur DaVinci, un système également mis au point par Clinisys.
Pourriez-vous évoquer plus en détail votre utilisation de GLIMS ?
Tout commence dans Clinisys CyberLab, le module de saisie des prescriptions et de consultation des résultats. Appelé à partir du Dossier patient informatisé (DPI), il permet aux prescripteurs de demander des examens et aux préleveurs d’éditer les étiquettes correspondantes. Grâce à la connexion native entre GLIMS et CyberLab, il suffit ensuite au laboratoire de scanner le tube lors de son acquittement pour identifier les besoins associés. Cette prescription connectée est aujourd’hui devenue un processus commun au sein des établissements de santé. Mais elle était particulièrement novatrice lorsque nous l’avions mise en place il y a plus d’une décennie.
Quelle est la suite du processus ?
Une fois les analyses réalisées par les automates, les résultats font l’objet d’une première validation par les techniciens de laboratoire, directement dans GLIMS ou via un middleware, comme cela est par exemple le cas pour la biochimie et la biologie moléculaire. Vient ensuite la validation biologique finale, exclusivement effectuée via GLIMS pour la libération des résultats, et la bascule du compte-rendu dans CyberLab pour permettre sa consultation par les prescripteurs. Les patients devraient pour leur part prochainement pouvoir y accéder via un portail dédié, ou par Mon Espace Santé. Cette organisation est en place pour tous les laboratoires à l’exception de la génétique moléculaire, où la règlementation n’autorise pas l’usage d’un serveur de résultats. Les transmissions se font donc encore beaucoup sous format papier ou par mail sécurisé.
Votre longue histoire avec GLIMS vous a permis de tester plusieurs versions. Que pourriez-vous nous en dire ?
Nous avons effectivement commencé avec la V6, et en sommes désormais à la V10. Toutes les mises à jour ont été mises en œuvre de manière totalement transparente pour les utilisateurs, ce qui est très appréciable. À savoir toutefois : lors du passage à la V10, qui proposait un certain nombre de changements notables – notamment des interfaces repensées et l’intégration d’un module spécifiquement dédié à la génétique –, nous avions souhaité remettre tous les paramétrages à plat et repartir d’une feuille blanche, ce qui permettait, notamment, de former une nouvelle génération de biologistes et de techniciens. Il faut dire qu’une force majeure de GLIMS réside dans sa grande souplesse, qui permet une adaptation étroite aux spécificités de chaque établissement et autorise de nombreuses évolutions. Mais cela nécessite une grande maîtrise technique. Il nous a donc semblé essentiel de renouveler notre pool d’experts internes, pour assurer la pérennité de la solution et pouvoir continuer à y intégrer de nouvelles analyses. Nous avons également mis ces travaux à profit pour créer un poste de technicien-informaticien, devenu le référent GLIMS à l’échelle du Pôle, pour les utilisateurs comme pour la direction des systèmes d’information.
Vous évoquiez plus haut DaVinci, le module équipant le laboratoire d’anatomopathologie. Des développements sont en cours pour assurer de meilleurs liens avec GLIMS. Pourriez-vous nous en parler ?
L’anatomopathologie nécessite en effet, autant que possible, des liens directs avec la biologie médicale, particulièrement pour l’oncogénétique somatique dans le cadre des thérapies ciblées. Mais ces deux activités s’appuient aujourd’hui sur deux outils distincts, ce qui n’est pas très commode – et est surtout potentiellement source d’erreurs, car certaines données d’anatomie pathologique sont manuellement saisies dans GLIMS. Des travaux sont donc en cours avec les équipes de Clinisys pour que, lors de la création d’une demande d’analyse de pièces tissulaires dans DaVinci, un dossier de demande d’analyse moléculaire soit autocréé dans GLIMS. Cela évitera la ressaisie des informations, tout en facilitant l’identification des pièces anatomiques réceptionnées par le laboratoire. Nous aimerions, dans un deuxième temps, pouvoir éditer un compte-rendu unique, pour répondre aux souhaits des prescripteurs et éviter une potentielle perte d’informations. Il s’agit donc d’un projet à la fois complexe et ambitieux, qui mobilise fortement les équipes.
Auriez-vous d’autres projets à court et moyen terme ?
Nous continuons d’imaginer de nouvelles organisations, car GLIMS nous donne justement toute latitude pour le faire. Par exemple, je mentionnais au début l’existence d’un logiciel tiers pour certaines activités de cytogénétique. Le volet concernant spécifiquement les thérapies ciblées en hématologie devrait progressivement basculer dans GLIMS, ce qui ferait d’ailleurs sens. À terme, nous réfléchissons à basculer sur GLIMS l'ensemble des activités de biologie médicale du Pôle qui peuvent l'être, la cytogénétique par exemple, et certaines activités de génétique. Ce serait pertinent pour simplifier les pratiques, mais également pour ce qui concerne la tarification des actes et les échanges avec les outils institutionnels de facturation. Toujours est-il que GLIMS confirme sa pertinence et son utilité tous les jours.
> Plus d'informations sur le site de Clinisys
> Article paru dans Hospitalia #66, édition de septembre 2024, à lire ici
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