Le NCBI Taxonomy et la SNOMED CT deviennent les deux terminologies de référence pour le CI-SIS

En mars 2022, l’ANS et la DNS ont lancé une concertation  pour recenser l’avis de l’écosystème sur la terminologie à adopter pour décrire les microorganismes dans un compte-rendu de Biologie médicale. La concertation a mis en avant deux terminologies de référence : le NCBI Taxonomy et la SNOMED CT.

Si la concertation a permis de confirmer les attentes de l’écosystème sur le contenu d’un standard et son usage dans le domaine de la santé, les résultats ne permettent pas d'arbitrer entre le NCBI et la SNOMED CT. Ces référentiels semblent tous les deux ancrés dans les usages et offrent des fonctionnalités complémentaires :

• La taxonomie du NCBI est plébiscitée par les professionnels de santé et les laboratoires universitaires comme une source fiable et de référence pour la description des microorganismes. Elle favorise également les connections de la santé avec les sciences du vivant, est mieux connue des experts de laboratoires et permet d’anticiper les virages technologiques sur les analyses de microbiologie (séquençage et métagénomique)
• SNOMED CT est plébiscitée par les industriels de par son usage à l’international et sa large couverture des domaines médicaux. La SNOMED CT offre également une dimension clinique intéressante, permettant de lier pathogène et maladie. Elle est compatible avec les standards de recherche clinique.

​Il reste important de constituer un réseau de Terminologies sur lesquels pourront s'appuyer les cas d'usages d'interopérabilité, de production de soins et d'exploitation de données (épidémiologie, etc.). D’un commun accord l’ANS et la DNS ont décidé de confirmer ces deux référentiels afin de respecter les attentes des différentes parties prenantes. Promulguer ces deux référentiels dans le CI-SIS se traduit dans le compte rendu de Biologie structuré par un double codage des germes identifié utilisant la taxonomie du NCBI et SNOMED CT. La trajectoire pour la mise en application du double codage reste ouverte à discussion.

Afin d’accompagner les laboratoires et limiter les impacts, l’ANS diffusera un alignement de référence entre NCBI et SNOMED CT. Cela permettra au laboratoire de se concentrer sur l'intégration dans sa base locale sur un seul référentiel NCBI Taxonomie ou SNOMED CT, la transcodification vers l’autre référentiel étant porté par l'alignement.

Fortes de l’expérience sur LOINC pour structurer les analyses de biologie, et conscientes des défis que peuvent représenter l’intégration d’une terminologie sur la classification des organismes (domaine en constante évolution), l’ANS et la DNS envisagent une trajectoire de mise en application du double codage par pallier. Il ne sera donc pas attendu des éditeurs et laboratoires qu’ils implémentent ces référentiels dans le cadre du Ségur du numérique en santé.

Quatre trajectoires sont à l’étude et seront proposées :

1. Aucune phase transitoire : le CI-SIS n’impose pas de structuration des microorganismes et annonce simplement la solution devant être mise en place et un calendrier (en attendant le référentiel d'alignement).
2. Structuration mono-terminologique libre : le CI-SIS impose au libre choix des laboratoires, l’usage soit de la taxonomie NCBI soit de la SNOMED CT. Il sera néanmoins exigé des laboratoires qu’ils envoient l’ensemble de leurs résultats de microbiologie avec la même terminologie. Cette solution permet un premier engagement des acteurs vers les référentiels d'interopérabilité mais ne permet pas aux consommateurs de données notamment les éditeurs d'anticiper l'ajout de nouvelles fonctionnalités dans leurs Systèmes d’Informations.
3. Structuration mono-terminologique imposée : le CI-SIS impose l’un des deux référentiels. Cette solution est un premier engagement des acteurs vers un référentiel d'interopérabilité, mais est en décalage aux vues des conclusions de la concertation et de l'étude menées qui montraient les avantages des deux terminologies.
4. Structuration par double codage progressif : le CI-SIS impose une structuration par double codage sur les microorganismes avec les alignements déjà à disposition. Cette solution permet d’atteindre la cible en proposant des « lots » d’alignements de plus en plus étendus. Cette solution n'est pas transitoire, l'ensemble des acteurs producteurs et consommateurs pourront choisir d'exploiter dès sa mise en place l'un ou l'autre des référentiels. La mise en place progressive d'un alignement dont la couverture est de plus en plus étendue permettra aux consommateurs de données d’exploiter les données de microbiologie structurée avec le référentiel de leur choix