Les scientifiques de deCODE genetics et leurs collègues de la Direction de la Santé islandaise et de l'Hôpital Universitaire National ont publié, le 16 avril 2020, dans le “New England Journal of Medicine“ une étude populationnelle de la propagation précoce du virus SARS-Cov-2 (à l'origine de la maladie Covid-19) en Islande.
L'objectif de cette étude a été de fournir une vue aussi complète que possible de la manière dont le virus se propage dans une population, en l'occurrence ici les 360 000 Islandais, avec la mise en œuvre de mesures de dépistage précoce massives, de mesures de suivi et d'isolement pour contenir l'épidémie. Les résultats montrent qu'environ 0,8 % de la population générale est infectée par plusieurs souches ou clades viraux, ce qui confirme la crainte que des porteurs du virus, asymptomatiques, propagent la maladie.
Cette étude suggère que si les efforts du système de santé publique ont été efficaces jusqu'à présent pour atténuer la propagation, davantage de données, y compris celles issues d’un dépistage massif de la population, seront essentielles en Islande pour maitriser l’impact de ce virus sur le long terme.
L'objectif de cette étude a été de fournir une vue aussi complète que possible de la manière dont le virus se propage dans une population, en l'occurrence ici les 360 000 Islandais, avec la mise en œuvre de mesures de dépistage précoce massives, de mesures de suivi et d'isolement pour contenir l'épidémie. Les résultats montrent qu'environ 0,8 % de la population générale est infectée par plusieurs souches ou clades viraux, ce qui confirme la crainte que des porteurs du virus, asymptomatiques, propagent la maladie.
Cette étude suggère que si les efforts du système de santé publique ont été efficaces jusqu'à présent pour atténuer la propagation, davantage de données, y compris celles issues d’un dépistage massif de la population, seront essentielles en Islande pour maitriser l’impact de ce virus sur le long terme.
Dépistage global et dépistage ciblé de la population
L'étude s'appuie sur un dépistage ciblé et un dépistage global de la population de plus de 60 000 tests/million au 4 avril, date d’arrêt de collecte des données pour cette étude ; depuis, 4 000 tests/million ont été effectués en Islande chaque jour. Les autorités sanitaires islandaises ont commencé à tester les personnes revenant de zones à haut risque (principalement des stations de ski dans les Alpes) et présentant des symptômes probables début février, un mois avant d'identifier la première infection par le SARS-Cov-2 le 28 février. Au 4 avril, ces dépistages ciblés avaient permis d'identifier 1221 cas positifs parmi 9199 personnes présentant des symptômes et leurs contacts. Tous les cas confirmés ont été isolés et leurs contacts ont été retrouvés et mis en quarantaine à domicile pendant 14 jours.
En complément de ce dépistage et pour donner une idée de la propagation du virus dans la population générale, deCODE a commencé le 13 mars à tester les volontaires qui s'étaient inscrits pour un dépistage gratuit. Jusqu’au 1er avril, 10 797 personnes ont été dépistées dans ce cadre, 87 (0,8 %) ont obtenu un résultat positif. Du 1er au 4 avril, 2 283 personnes supplémentaires sélectionnées au hasard ont été dépistées, dont 13 (0,6 %) se sont révélées positives. L'analyse des données combinées des différents dépistages suggère que les enfants et les femmes sont, en général, un peu moins sensibles à l'infection par le SARS-Cov-2 que les hommes et les adultes.
"En tentant de cartographier soigneusement l'épidémiologie de COVID-19 au niveau moléculaire en Islande, nous espérons fournir au monde entier des données à utiliser dans l'effort collectif mondial pour freiner la propagation de la maladie", a déclaré Kari Stefansson, PDG de deCODE genetics et auteur principal de l'article.
En complément de ce dépistage et pour donner une idée de la propagation du virus dans la population générale, deCODE a commencé le 13 mars à tester les volontaires qui s'étaient inscrits pour un dépistage gratuit. Jusqu’au 1er avril, 10 797 personnes ont été dépistées dans ce cadre, 87 (0,8 %) ont obtenu un résultat positif. Du 1er au 4 avril, 2 283 personnes supplémentaires sélectionnées au hasard ont été dépistées, dont 13 (0,6 %) se sont révélées positives. L'analyse des données combinées des différents dépistages suggère que les enfants et les femmes sont, en général, un peu moins sensibles à l'infection par le SARS-Cov-2 que les hommes et les adultes.
"En tentant de cartographier soigneusement l'épidémiologie de COVID-19 au niveau moléculaire en Islande, nous espérons fournir au monde entier des données à utiliser dans l'effort collectif mondial pour freiner la propagation de la maladie", a déclaré Kari Stefansson, PDG de deCODE genetics et auteur principal de l'article.
Séquençage du virus
deCODE a séquencé le virus à partir de 643 individus et a dressé un arbre généalogique des différents haplotypes (variants génétiques) trouvés. L'analyse des données de séquençage révèle que les haplotypes du virus détectés lors des premiers tests ciblés étaient presque entièrement du clade A2 provenant d'Autriche et d'Italie, introduit en Islande avec les personnes revenant de vacances au ski. En revanche, les cas identifiés dans les tests ciblés plus récents et dans le dépistage de la population de deCODE montrent que divers haplotypes du clade A1 prépondérant dans des pays tels que le Royaume-Uni étaient devenus plus courants, et qu'il y a maintenant une large et croissante variété d'haplotypes présents dans la population.
Cela suggère que le virus est entré en Islande en provenance de nombreux pays, y compris ceux qui étaient alors considérés comme à faible risque. Actuellement, 291 mutations ont été trouvées dans le pays, sans avoir été identifiées ailleurs. L'une des utilités du séquençage du virus est qu'il permet de suivre les contacts et les infections supplémentaires provenant de cas confirmés. Ces données, et le fait que la majorité des nouvelles infections proviennent de personnes déjà en quarantaine, soulignent l'efficacité générale des efforts de santé publique pour identifier et isoler ces contacts et contrôler davantage la propagation du virus.
"Pour infléchir la courbe de cette pandémie le plus rapidement possible, nous avons besoin d'informations scientifiquement précises sur la manière dont le COVID-19 se propage dans les communautés, a déclaré Robert A. Bradway, Président Directeur Général d'Amgen. Je pense que la réponse rapide de deCODE à cette urgence et les informations qu'elle a générées donneront au reste du monde une base scientifique plus solide pour les décisions de santé publique".
Cela suggère que le virus est entré en Islande en provenance de nombreux pays, y compris ceux qui étaient alors considérés comme à faible risque. Actuellement, 291 mutations ont été trouvées dans le pays, sans avoir été identifiées ailleurs. L'une des utilités du séquençage du virus est qu'il permet de suivre les contacts et les infections supplémentaires provenant de cas confirmés. Ces données, et le fait que la majorité des nouvelles infections proviennent de personnes déjà en quarantaine, soulignent l'efficacité générale des efforts de santé publique pour identifier et isoler ces contacts et contrôler davantage la propagation du virus.
"Pour infléchir la courbe de cette pandémie le plus rapidement possible, nous avons besoin d'informations scientifiquement précises sur la manière dont le COVID-19 se propage dans les communautés, a déclaré Robert A. Bradway, Président Directeur Général d'Amgen. Je pense que la réponse rapide de deCODE à cette urgence et les informations qu'elle a générées donneront au reste du monde une base scientifique plus solide pour les décisions de santé publique".
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