L’analyse génomique rapide représente un atout majeur pour l’orientation diagnostique thérapeutique et se révèle importante pour un nombre croissant d’indications médicales. Dans certains cas, les informations génétiques sont nécessaires de manière urgente, c’est le cas notamment pour la prise en charge d’enfants en souffrance néonatale ou ayant des malformations pour limiter l’errance diagnostique, dans des cas de greffe rénales pour améliorer la compatibilité donneur /receveur...ou encore en cancérologie ou maladies rares pour orienter les traitements.
Le séquençage haut débit SHD (également appelé séquençage nouvelle génération) est devenu le gold standard pour ce type d’analyse. Bien que les délais aient été nettement raccourcis, l’attente des résultats reste longue, anxiogène et potentiellement délétère pour la mise en route rapide d’un traitement adapté. En France, l’analyse du génome complet nécessite plusieurs semaines voire quelques mois pour l’obtention des résultats. Pourtant des situations ou le diagnostic génétique rapide peut aider la prise en charge diagnostique et l’orientation thérapeutique sont de plus en plus fréquentes. C’est le cas de la souffrance néonatale ou le « fast-exome » permet d’établir un diagnostic dans près de 40% des cas. De la même façon en cas de cancer métastatique ou de site primitif inconnu, des panels de gènes très étendus sont devenus nécessaires à l’orientation thérapeutique (recommandations européennes de l’ESMO, Mosele 2024, Annals of oncol).
Des techniques de séquençage de troisième génération sont en cours de développement pour réduire les délais. Ainsi, dans le cancer du sein, l’étude TURBO vise à valider le test Ultra Rapid BRCA1/2 à visée thérapeutique qui permet d’obtenir le résultat en une semaine. « La connaissance du statut BRCA1/2 est aujourd’hui requise pour orienter le traitement chirurgical et médicamenteux d’un cancer du sein au diagnostic » explique le Pr Pujol, co-investigateur de cette étude (clinical.gov, NCT06111417). « C’est la raison pour laquelle les nouvelles recommandations américaines ASCO 2024, Bedrosian JCO 2024), conseillent de proposer le test génétique à toutes les patientes de moins de 65 ans atteintes d’un cancer du sein».
Le séquençage haut débit SHD (également appelé séquençage nouvelle génération) est devenu le gold standard pour ce type d’analyse. Bien que les délais aient été nettement raccourcis, l’attente des résultats reste longue, anxiogène et potentiellement délétère pour la mise en route rapide d’un traitement adapté. En France, l’analyse du génome complet nécessite plusieurs semaines voire quelques mois pour l’obtention des résultats. Pourtant des situations ou le diagnostic génétique rapide peut aider la prise en charge diagnostique et l’orientation thérapeutique sont de plus en plus fréquentes. C’est le cas de la souffrance néonatale ou le « fast-exome » permet d’établir un diagnostic dans près de 40% des cas. De la même façon en cas de cancer métastatique ou de site primitif inconnu, des panels de gènes très étendus sont devenus nécessaires à l’orientation thérapeutique (recommandations européennes de l’ESMO, Mosele 2024, Annals of oncol).
Des techniques de séquençage de troisième génération sont en cours de développement pour réduire les délais. Ainsi, dans le cancer du sein, l’étude TURBO vise à valider le test Ultra Rapid BRCA1/2 à visée thérapeutique qui permet d’obtenir le résultat en une semaine. « La connaissance du statut BRCA1/2 est aujourd’hui requise pour orienter le traitement chirurgical et médicamenteux d’un cancer du sein au diagnostic » explique le Pr Pujol, co-investigateur de cette étude (clinical.gov, NCT06111417). « C’est la raison pour laquelle les nouvelles recommandations américaines ASCO 2024, Bedrosian JCO 2024), conseillent de proposer le test génétique à toutes les patientes de moins de 65 ans atteintes d’un cancer du sein».
Aller plus loin pour réduire les délais d’obtention des résultats avec l’étude URGES
L’objectif du projet de recherche URGES était de démontrer la faisabilité technique et humaine d’une analyse pangénomique « ultra rapide », en moins de 3 jours, pour l’utilisation potentielle en soin courant, elle a été réalisée en moins de 40 heures.
Le séquençage pangénomique par longues séquences en moins de 40 heures. Grâce à un séquenceur dit de nouvelle génération la technique permet d’effectuer un séquençage en utilisant des fragments longs, beaucoup plus rapide que le séquençage avec des fragments courts. Le matériel permettant le séquençage est produit en Angleterre et l’interface disponible pour l’interprétation est française.
Déroulement et résultats de l’étude :
- Les échantillons ont été réceptionnés le 8 octobre et le lancement des séquençages a eu lieu le mardi 8 octobre à 19h00.
- Les séquençages ayant pris fin le jeudi 10 octobre entre 9H et 12H00, tous les génomes ont été séquençés en moins de 40 heures.
- Les données ont ensuite été traitées pour être interprétables en moins de 6 h.
- L’interface disponible pour le médecin biologiste avant interprétation a permis d’identifier des variations utiles pour la santé.
L’étude promue par le CMC Ambroise Paré-Hartman (Neuilly-sur-Seine) a été réalisée sur quatre volontaires indemnes de pathologies évolutives ou chroniques connues. Le séquençage a été réalisé dans le laboratoire de recherche du Pr Laurent Mesnard (INSERM UMR S 1155) à l’hôpital Tenon, Sorbonne Université (Paris). L’étude prévoyait d’inclure 4 sujets volontaires Les séquençages ont été réalisés avec un dispositif assez simple dont le côut des réactifs s’élevait à 900 euros par personne.
« La SFMPP est heureuse d’avoir réussi à relever ce challenge technologique, bio-informatique mais également humain, a précisé le Pr Pascal Pujol, président de la SFMPP et principal investigateur de l’étude. C’est avant tout un projet médical d’envergure que nous avons porté conjointement avec les Pr Laurent Mesnard (Hôpital Tenon) et David Geneviève (CHU Montpellier). Un très grand merci aux volontaires sains qui se sont prêtés à cette étude, car l’analyse génomique rapide permettra d’améliorer une médecine de précision, en évitant les errances diagnostiques, en améliorant la compatibilité lors de greffes d’organes et en orientant les patients atteints de cancers vers des traitement spécifiques ».
Le séquençage pangénomique par longues séquences en moins de 40 heures. Grâce à un séquenceur dit de nouvelle génération la technique permet d’effectuer un séquençage en utilisant des fragments longs, beaucoup plus rapide que le séquençage avec des fragments courts. Le matériel permettant le séquençage est produit en Angleterre et l’interface disponible pour l’interprétation est française.
Déroulement et résultats de l’étude :
- Les échantillons ont été réceptionnés le 8 octobre et le lancement des séquençages a eu lieu le mardi 8 octobre à 19h00.
- Les séquençages ayant pris fin le jeudi 10 octobre entre 9H et 12H00, tous les génomes ont été séquençés en moins de 40 heures.
- Les données ont ensuite été traitées pour être interprétables en moins de 6 h.
- L’interface disponible pour le médecin biologiste avant interprétation a permis d’identifier des variations utiles pour la santé.
L’étude promue par le CMC Ambroise Paré-Hartman (Neuilly-sur-Seine) a été réalisée sur quatre volontaires indemnes de pathologies évolutives ou chroniques connues. Le séquençage a été réalisé dans le laboratoire de recherche du Pr Laurent Mesnard (INSERM UMR S 1155) à l’hôpital Tenon, Sorbonne Université (Paris). L’étude prévoyait d’inclure 4 sujets volontaires Les séquençages ont été réalisés avec un dispositif assez simple dont le côut des réactifs s’élevait à 900 euros par personne.
« La SFMPP est heureuse d’avoir réussi à relever ce challenge technologique, bio-informatique mais également humain, a précisé le Pr Pascal Pujol, président de la SFMPP et principal investigateur de l’étude. C’est avant tout un projet médical d’envergure que nous avons porté conjointement avec les Pr Laurent Mesnard (Hôpital Tenon) et David Geneviève (CHU Montpellier). Un très grand merci aux volontaires sains qui se sont prêtés à cette étude, car l’analyse génomique rapide permettra d’améliorer une médecine de précision, en évitant les errances diagnostiques, en améliorant la compatibilité lors de greffes d’organes et en orientant les patients atteints de cancers vers des traitement spécifiques ».
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